16日朝から全国各地の空港で、日本航空(JAL)の自動チェックイン機が使えないなどのシステムトラブルが発生していた件で、同日午後2時35分ごろ、システムトラブルが復旧した。システムトラブルの影響で、那覇空港ではカウンターで搭乗手続きが行われ、保安検査場の入場時は職員が目視で搭乗券を確認していた。
JAL沖縄支店によると、那覇空港では午前7時すぎから午後2時半ごろまで、沖縄関係路線で約30分の遅れが生じた。日本トランスオーシャン航空は3便で250人、琉球エアーコミューターは9便で276人に影響が出た。