沖縄県内で発生している豚やイノシシの伝染病豚コレラ(CSF)について、殺処分した場合にも評価額の全額が補償される制度がある。農水省では「経済的な負担は補償されるので、感染拡大を防ぐためにも異常があれば早期に通報してほしい」と呼び掛けている。
感染力の強い豚コレラや口蹄疫(こうていえき)などの家畜伝染病は、早期の防疫措置が最重要となるため、通常の殺処分に対する手当金に特別手当金を組み合わせて評価額の全額が補償される。
一般的な豚は6カ月ほどで出荷される。評価額は出荷間近の豚なら市場価格と同等になる。6カ月に満たない場合には「処分時の価値に応じて査定する」(農水省担当者)という。ブランド豚の「アグー」については、全国的に流通している豚とは違い市場価格の算出が難しいが、過去の取引実績などを基に評価するという。
一方で、飼養衛生管理基準に定められた病気を防ぐ取り組みなどをしっかりせずに感染した場合や、通報が遅れた場合などは手当金の減額もある。同基準で定められた埋却地の準備についても「手当金のチェックポイントにはなる」(同)という。終息後に経営再開する際には、家畜購入費や餌代などの資金を低利子で貸し付ける融資制度がある。
殺処分対象でなくても、移動制限、搬出制限区域内の農家に対して売り上げ減少分やえさ代、保管費などの増加分を国と県で全額助成する制度もある。